总部集团以本部研发中心为主体，成立创新研究院，负责统筹方盛集团所有研发业务，积极探索“多中心布局”的研发裂变发展模式构筑产品集群；方盛从创始之初就规划将研发能力打造成为企业核心竞争力，现已建立了多个高规格的研发平台：创新中药研发平台、仿制药研发中心、复杂制剂研发中心、暨大基因药物工程研究中心。公司的创新药物研究立足于解决未完全满足的临床需求为目标，结合未来竞争态势和公司产品管线优势，以终为始，围绕新开发平台，新合作机制，新药物发现，新作用机制，新疗法开发来思考研发方向、执行研发工作。从立项到生产上市，全程追求具有临床价值的差异化优势及生产成本优势，创新中药致力研发“同类更优”（Me-better）和“同类最佳”（Best-in-Class）,具有市场竞争力的产品。

目前研发成果有：获得152个药物生产批件，20件新药证书，46项中国专利发明，4项湖南省科技进步奖，2项国家重大新药创制科技重大专项，1项中国专利奖，1项国际发明专利，数十项省部级科技项目。